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- 兩天通過生效：政府於2026年6月8日突然向立法會提交文件並召開緊急聯席會議，翌日（6月9日）即獲行政會議通過並刊憲即時生效，採用「先訂立、後審議」程序。
- 特首證明書定性：根據新例，只要特首發出證明書，認定某宗普通刑事案（如藏有爆炸品、劫獄等）的作為涉及國家安全，該案即自動被視為「危害國家安全犯罪案件」，且同案中的任何交替控罪亦一併歸類為國安罪行。
- 不設溯及限制：附例條文指明，不論有關行為或檢控是在《香港國安法》生效之前、之時抑或之後作出，特首證明書均適用。
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- 不影響判刑與罪名：律政司司長林定國與保安局局長鄧炳強表示，若普通刑事罪（如爆炸案）被認定涉國安，其最高刑罰仍沿用原本控罪的標準，不會因而加刑。
- 非實質法律追溯：行政會議成員湯家驊及立法會議員梁美芬指出，這不代表具備實質法律追溯力。因為新例只改變審訊和調查的「程序安排」（例如改由國安指定法官審理、可能不設陪審團、更嚴格的保釋門檻等），並非將過去合法的行為在今天突然變成有罪。
- 減少法庭爭拗：李家超與鄧炳強強調，涉及國家安全的情報高度敏感（涉及「國家級高手」），行政機關比法院更具備判斷能力。由特首發出具約束力的證明書是為了「減少爭拗」，不需再由法官自行演繹。
- 司法職能轉移行政：英國倫敦大學法律學院名譽教授陳文敏撰文指出，決定案件是否屬於特殊刑事程序，歷來是普通法制度下「司法職能」的核心。新例將此重要權力由法院轉移至行政機關（特首），且決定一旦作出，法院無權推翻，亦不受司法覆核。
- 缺乏客觀標準：批評者指出政府文件並未列出特首認定的客觀標準，理論上只要特首認定涉國安即可，缺乏制度制衡和程序保障。
- 變相追溯與程序不公：法律學者黎恩灝及香港大律師公會均提到，將國安程序（包括延長扣留、嚴格保釋等）適用於國安法生效前的舊案件是一件「重要之事」，學者批評這等同讓特首一人的意志即可任意將普通刑事案件「國安化」，進一步削減了被告原本在普通刑事程序下享有的基本保障。
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兩天急過法例賦權特首把任何刑事行為以國安案處理且可追溯國安法前行為
港府在毫無預警下，經立法會於週一(8日)公佈，將訂定上述國安條例的附屬法例，獲賦予此無上權力的特首，週二早上出席儼如英國內閣的行政會議(簡稱行會)前，在被問及此例時，將會沒有透露接著舉行的行會以討論。及至行會即日通過並刊登憲報生效，而不是等待到在一般憲報刊登的星期五。創下法例由提出至生效的最快紀錄。有資深新聞從業員在網路節目估計，港府急急推出相關附例，應該是已經有「目標」，要趕著就某些行為採取行動；但他沒有透露是什麽個案。
而根據憲報刊登的《維護國家安全(程序事宜)規例》(《規例》)，行政長官根據兩條國安法例發出證明書，認定任何人在某案件的某些作為涉及國家安全，即屬國安法的案件，且“不論上述作為或檢控是在《香港國安法》生效之前作出或抑制之時或之後。
港府官員8日向立法會解釋有關附屬法例，綜合官員及議員發言及舉例，例如某人犯了偷竊罪，偷竊罪本身並非國安罪行，若特首發出證明書認定案件涉及國家安全，該案即屬國安案件。
保安局局長鄧炳強舉例，劫獄本身非國安罪行，若特首發出證明書認定該行為涉及危害國安，該案件則成為國安罪行，分別在於會使用國安程序處理，例如由指定法官審理案件等。
律政司長林定國表示，訂立附屬法例是為國安法實施「帶來更大確定性」，沒有新增罪行或擴大權力。
特首發證明書不受質疑爭訟機會亦被剝奪
儘管特首發出的證明書不受司法挑戰已在《國安法》中訂明，但《規例》更進一步訂明，任何人不得在任何法院對上述證明書提出質疑，也不得就該證明書提任何形式的訴訟。
依此規定，曾因特首發出證明書而撤回司法覆核的前支聯會副主席鄒幸彤，今後再遇書本被禁入監獄的情況，根本是提出司法覆核的權利也沒有，遑論在庭上爭辯。其馀的《願榮光歸香港》列為禁歌和張敬生爭取提早獲釋的案件，亦同樣不能在法庭上展開爭辯。
湊巧的是，《規例》生效之日，正是2019年反對修訂逃犯條例有逾百萬人上街反對的七週年紀念日，而6月9日亦被廣泛視為大型反修例運動的開始，雖然之前已有反對聲音和遊行。
全國港澳研究會顧問劉兆佳表示，刊憲時機與反送中風波、七一回歸等未必有關，暫不見內部或國際形勢有迫切威脅，除非政府很快動用附例，「否則只能說政府按照工作時間表立法」。
國際特赦組織香港海外分會同日發表聲明，指《規例》損害公平審訊的權利，該會發言人邵嵐對早應廢除的國安法例得到強化，表示十分令人擔憂，認為這顯示港府意圖大規模動用其廣泛權力，嚴重損害被告在調查丶保釋申請丶訊申請等不同階段的權利。
聲明續稱，新法將進一步為當局提供藉口，以「國家安全」為名，系統性地壓制異見，對任何敢於批評當局者製造廣泛的寒蟬效應。
李家超9日見媒體時，被問到初步評估會發出證明書次數、如何避免「一個人說了算」的觀感時說，由特首發出證明書目的是「減少爭拗」。特首有責任維護國安，很多涉國安的圖謀者是「國家級高手」，因此相關敏感資料只有特首才可審閱，「每一次都會審慎行事」。
陳文敏：新例將案件分類權由司法轉至行政屬憲制問題
英國倫敦大學法律學院榮譽教授陳文敏亦在網媒《綠豆》撰文，指今次修訂的真正爭議涉及憲制問題，即是港府藉新例將決定一宗案件法律性質的重要權力，由法院轉移至行政機關，而又沒有同時建立足夠的客觀獨立監督機制。
他指出，在普通法制度下，決定某項罪行是否符合特定法律分類，以及某名被告應否受到特殊刑事程序約束，歷來被視為司法職能的重要組成部分，而今次附屬法例看似是處理“誰來分類”的問題，實際上處理的卻是“誰來決定被告能否享有普通刑事程序保障”的問題。而從香港國安法例制度的演變看來，涉及國家安全的問題，正逐步由法院的司法判斷轉變為行政機關的認定事項。
再者，相關轉變完全沒有製度保障，因為港府文件沒有列出任何客觀標準，亦沒有要求有關罪行必須以危害國家安全為必要元素，更沒有要求有關罪行與國安存在直接關聯或法院對有關認定進行實質審查。故此，理論上，只要特首認證某項行為涉及國安，有關罪行便可被歸類為危害國安的罪行，毋須給予理由，沒有特定程序，決定亦不受任何監察或司法覆核。這不是港府一句不會輕率引用有關權力便可解決。
對於附屬法例中沒有界定可被認定涉及國安的罪行範圍，香港行政會議成員、資深大律師湯家驊表示，理論上適用於所有罪行，不過「例如交通罪行，比較難想像涉及國安」。