因应武汉肺炎（COVID-19）疫情，中央流行疫情指挥中心针对「陆配子女入境」政策大转弯，引发外界热议，对此，前总统马英九批评蔡英文总统的行为与之前承诺落实《儿童权利公约》背道而驰，「不要让民粹碾压人权，歧视凌驾人道」，蔡英文今（14）日受访时也做出回应。
马英九在脸书发文指出，陆委会原本允许「未成年」、「大陆亲人无能力照顾」且「父母皆在台湾者」的陆配子女，可专案申请来台，不过在蔡总统指示检讨後，随即撤回这项方案，中央流行疫情指挥中心指挥官、卫福部长陈时中还特别强调，当初陆配替子女选择国籍时，「没有选择台湾，就要自己承担」。
马英九也提出质疑，认为蔡总统曾说，「移民和移工，都是我们台湾的一分子」，难道这些父母不在身边的「台湾之子」，不是台湾的一分子吗，台湾不是一向以人权立国，以法治自豪吗，「蔡总统，让他们回家与家人团聚吧，不要让民粹碾压人权，歧视凌驾人道」。
蔡英文今受访时表示，相关决策都是由权责单位，本於他自己的部会职长做的决定「我们现在整个决策，都是以疫情掌控为最优先考量」，针对马英九的的评论，她也回应，「没有歧视的问题，只有疫情处理、疫情掌控、保护国人健康是最重要的原则」。
蔡英文强调，即便是在相关国际公约，都不会去防止疫情主导的机关，去为了掌控疫情需求所做的决策，「这无关歧视，也是一个暂时性的措施」，最後她也反酸马英九，「我是觉得既然已经做过总统，也应该知道在做一个相关决策，现在最重要是疫情掌控最优先」。
